El nombre de la Ermita y ahora Parroquia, Santa Marta, proviene desde pocos años de fundada la ciudad.
A Santa Marta se le nombrò Patrona de la Ciudad de Arequipa y Protectora de los Terremotos que asolaban a la Regiòn.
En la iglesia de Santa Marta se encuentra una bella e imponente efigie de un Cristo Crucificado; es el Cristo de la Caridad, que se venera desde tiempos inmemorables.
La tradición cuenta que el Cristo de la Caridad, fue obsequiada por el Rey de España Carlos V. Este monarca reinaba en la península ibérica cuando en 1540 fue fundada la ciudad de Arequipa y falleció 18 años después, en 1558. Por ende el Cristo de la Caridad tiene una antigüedad de casi 450 años.
Las primeras noticias que se tiene del Cristo de la Caridad es que primero estuvo alojado en la iglesia de San Làzaro y para una mayor seguridad, fuè trasladado allà por el año de 1566 a la Capilla de la cárcel, ubicada en el hoy Portal de la Municipalidad(antes Portal del Cabildo). Todo ello acontecía antes de pasar en forma definitva a la Iglesia de Santa Marta, su actual residencia.
La primera iglesia de Santa Marta, data de fines del siglo XVI siendo destruida por los numerosos sismos ocurridos en la ciudad. Con estos sismos fue varias veces destruida la Capilla del Cristo de la Caridad.
Juan Domingo Zamàcola y Jàuregui nos dice que por el terremoto del 13 de Mayo de 1784 y que durò 5 minutos, el Cristo de la Caridad fue sacado en procesión el 30 de mayo desde la catedral por orden del XVI Obispo de Arequipa, Fr. Miguel de Gonzàles Pamplona.
Se dice que la primera procesión del Cristo de la Caridad, ocurrió el 3 de marzo de 1684, y ene sta oportunidad llega hasta la actual Catedral, es a partir de esta fecha que sale en procesión una sola vez al año, salvo casos excepcionales, como hace algunos años, cuando llega a la Ciudad de Arequipa La Virgen de Chapi o cuando el Cristo de la Caridad fue declarado Padrino de la Primera Etapa del Estadio UNSA.
